按食用菌在自然环境中生活的主要营养来源可划分为木生菌、草生菌、粪生菌、土生菌等，其中包括了寄生菌和菌根菌。按它们作为主要营养的物料可归为木材、草料、粪便、土壤、农副产品、生物活体等类型。
木材：木材的纤维素、木质素等成分是木生型食用菌的良好养分。如香菇与壳斗科、金缕梅科等树种的亲和力，利用这些树种栽种可获得高产。又如耳类如银耳、黑木耳等适宜在大戟科、漆科等树种上生活。而茯苓最适宜在松科树木生活。选择合适的树种才能种好菇，或根据当地的树种资源确定食用菌栽培的品种，是取得成功的关键。
草料：草料含有食用菌生活必需的各种养分，来源充足，是草生型食用菌栽培的良好基质。多为禾本科植物的茎杆，如稻草、麦杆、玉米杆、干草等。适宜栽培草菇、蘑菇、平菇等食用菌。
粪便：反刍动物的粪便含有丰富的养分，而且经肠道微生物作用后有机氮含量比木材、草料要高，水分充足。最适合蘑菇、草菇等食用菌生活。
土壤含有丰富的有机质，不同的土质适合不同的食用菌生活。如砂质及花岗岩土适合香乳菇、绿菇生活；石灰质土壤适合粘绿乳菇、口蘑属的大多数种类生活；粘土适合苦口蘑、毒粉褶蕈生活；羊肚菌的种类喜欢在火烧土上生活；草原、林地的蘑菇圈是由菌丝在土壤中生长蔓延而形成的。一些特殊食用菌的栽培物料在此不作介绍。
随着食用菌栽培研究的深入，扩展了自然资源的充分利用，大量农、林、牧的副产品大量应用于食用菌栽培。木材加工的木屑，替代或补充了原木的使用。粮食加工的米糠、麸皮、豆饼、花生饼的养分齐全，大量应用于食用菌栽培的辅料中。制糖业的甘蔗渣、甜菜渣、棉纱工业的棉子壳、废棉、茶叶渣、芭蕉的假茎及叶片、豆科植物的藤蔓、芒萁骨、象草等都可作为食用菌栽培的基质。
木材、草料、土壤、农副产品等作为菌料时，需要粉碎后再利用。这就会用到粉碎机，小型的粉碎机可以粉碎草料、土壤、农副产品等；大型粉碎机可以粉碎木材、土壤等。
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